اهداف اصلی مؤسسه عبارتند از : حفاظت از منافع ملی، ساماندهی امر کنترل و گواهی بذر و نهال، حفظ حقوق مالکیت معنوی بهنژادگران، شناسایی و ثبت ارقام جدید گیاهی و کنترل و نظارت بر امور بذر و نهال کشور.

مهمترین وظایف مؤسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال عبارتند از:

         ۱. ساماندهی امر کنترل و گواهی بذر و نهال جهت نیل به تولید و عرضه بذر و نهال با کیفیت و سالم.
         ۲. حمایت از حقوق مالکیت فکری بهنژادگران ارقام جدید گیاهی.
         ۳. حمایت از منافع ملی از طریق شناسه دار نمودن ارقام بومی و محلی کشور و ثبت آنها به نام دولت ج.ا.ایران.
         ۴. معرفی ارقام جدید گیاهی از طریق نشر فهرست ارقام ملی.
         ۵. تدوین و پیشنهاد استانداردهای ملی لازم و روزآمد در زمینه کیفیت و سلامت بذر و نهال.
         ۶. نظارت دقیق و مستمر بر مزارع تولیدی بذر، باغ های مادری تولید پیوندک، کنترل و صدور گواهی اصالت ژنتیکی، سلامت و کیفیت بذر و نهال تولیدی، صادراتی و وارداتی و 
            صدور گواهی کیفیت جهت ترخیص از گمرکات کشور.
         ۷. صدور مجوز تولید بذر و نهال برای اشخاص حقیقی و حقوقی واجد شرایط.
         ۸. صدور مجوز کنترل و نظارت بذر و نهال برای اشخاص حقیقی و حقوقی واجد شرایط.
         ۹. حمایت از ارقام ثبت شده جدید گیاهی در کشور.
       ۱۰. اقدام در جهت دستیابی به دانش و فن آوری های جدید و بهینه سازی فن آوری­های مورد استفاده از طریق عضویت در مجامع و سازمان های بین المللی و همچنین انجام
            تحقیقات مرتبط.
       ۱۱. ارائه نظر کارشناسی به محاکم قضائی در زمینه دعاوی مربوط به بذر و نهال و ارقام گیاهی.