اهداف اصلی مؤسسه عبارتند از : حفاظت از منافع ملی، ساماندهی امر کنترل و گواهی بذر و نهال، حفظ حقوق مالکیت معنوی بهنژادگران، شناسایی و ثبت ارقام جدید گیاهی و کنترل و نظارت بر امور بذر و نهال کشور.
مهمترین وظایف مؤسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال عبارتند از: