تحقیقات کشاورزی و اصلاح و توسعه ارقام جدید گیاهی در ایران در دهه 1310 با تشکیل بنگاه اصلاح و تهیه بذر چغندر قند و انستیتو توتون ایران آغاز گردید. خاستگاه بذر رسمی با کیفیت در ایران، با تشکیل موسسات تحقیقات کشاورزی و پروژه های اصلاح ارقام جدید پیوستگی دارد و دراین راستا تشکیل مؤسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر در سال 1338 نقطه عطفی در اصلاح و معرفی ارقام جدید گیاهی و باغی به شمار می رود. در سال 1335، کمیته غلات وزارت کشاورزی وقت با همکاری کارشناسان سازمان خواربار و کشاورزی ملل متحد (فائو) اولین برنامه جدید تولید، گواهی و عرضه بذر غلات را پایه ریزی نمود. همچنین این کمیته اولین برنامه ملی تولید و عرضه بذر گواهی شده را تدوین کرد. از این تاریخ، مؤسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر بر اساس برنامه مصوب وزارت کشاورزی، مسئولیت کنترل و گواهی بذر را نیز به عهده گرفت. علیرغم ایجاد سیستم کنترل و گواهی بذر در کشور، دلایل ذیل باعث گردید که انتظارات بخش کشاورزی در این مهم برآورده نگردد:
وجود مشکلات فوق و نواقصی دیگر از قبیل ناکارآمدی سیستم گواهی بذر و محدود بودن آن به چند گیاه زراعی خاص، باعث گردید که " کمیته ساماندهی بذر و نهال" در وزارت کشاورزی وقت در اواخر سال 1375 تشکیل گردد. نتایج کار این کمیته ، منجر به تدوین پیش نویس لایحه ای شد که پس از طی مدت زمان طولانی در سایه تعامل کمیسیون کشاورزی مجلس شورای اسلامی وقت و همکاری تنگاتنگ سازمان خواربار و کشاورزی ملل متحد (فائو) نهایی گردید و جهت طرح در صحن علنی به مجلس محترم شورای اسلامی ارسال شد. لایحه مذکور در تاریخ 29/4/1382 از سوی مجلس تصویب و در هشتم مردادماه همان سال به تأیید شورای محترم نگهبان رسید و به عنوان قانون ثبت ارقام گیاهی و کنترل و گواهی بذر و نهال برای اجرا به وزارت جهاد کشاورزی ابلاغ گردید.
به استناد ماده دوم این قانون، مؤسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال، زیر نظر هیأت امنای سازمان تحقیقات ، آموزش و ترویج کشاورزی و به منظور حفاظت از منابع ملی، ساماندهی امر کنترل وگواهی بذر و نهال و حفظ حقوق مالکیت معنوی بهنژادگران گیاهی در آذرماه سال 1382 تشکیل شد.